Masoala est l’une des rares régions de Madagascar qui ait réussi l’exploit de raccorder la forêt à la mer. L’écosystème marin et côtier appartient à l’écorégion du Nord-Est. On y voit un archipel de forêts et de rochers, des baies de sable, des récifs coralliens, des herbiers et d’étroites bandes de forêts de mangrove.